- Reshuffle kedua
Pada 27 Juli 2016, Jokowi kembali melakukan perombakan kabinet.
Ada pergantian 14 posisi menteri dan satu badan.
Budi Karya Sumadi diangkat sebagai Menteri Perhubungan, menggantikan Ignasius Jonan.
Bambang Brodjonegoro diangkat sebagai Menteri PPN/Kepala Bappenas, menggantikan Sofyan Djalil.
Sri Mulyani Indrawati diangkat sebagai Menteri Keuangan, menggatikan Bambang Brodjonegoro.
Sofyan Djalil diangkat menjadi Menteri Agraria dan Tata Ruang, menggantikan Ferry Mursidan Baldan.
Archandra Tahar diangkat menjadi Menteri ESDM, menggantikan Sudirman Said. Namun, karena disorot soal dwi kewarganegaraan, Archandra hanya menjabat tak sampai satu bulan. Posisinya digantikan oleh Ignasius Jonan, sementara dia menduduki posisi Wakil Menteri.
Airlangga Hartarto diangkat menjadi Menteri Perindustrian, menggantikan Saleh Husin.
Muhadjir Effendy diangkat sebagai Menteri Pendidikan dan Kebudayaan, menggantikan Anies Baswedan.
Eko Putro Sanjojo diangkat menjadi Menteri Desa dan PDTT, menggantikan Marwan Jafar.
Asman Abnur diangkat menjadi Menteri PAN-RB, menggantikan Yuddy Chrisnadi.
Luhut Binsar Pandjaitan diangkat sebagai Menko Kemaritiman, menggantikan Rizal Ramli.
Wiranto diangkat menjadi Menko Polhukam, menggantikan Luhut.
Enggartiasto Lukita diangkat sebagai Menteri Perdagangan, menggantikan Thomas Lembong.
Thomas Lembong diangkat sebagai Kepala BKPM, menggantikan Franky Sibarani.
Franky Sibarani menjabat sebagai Wakil Menteri Perindustrian.
- Reshuffle ketiga
Pada 17 Januari 2018, Jokowi kembali melakukan reshuflle kabinet.
Pergantian dilakukan karena Khofifah Indar Parawansa mengundurkan diri sebagai Menteri Sosial.
Khofifah mundur karena mengikuti Pilkada Jawa Timur 2018.
Posisi Menteri Sosial selanjutnya diberikan Jokowi kepada Sekjen Partai Golkar, Idrus Marham.
Selain itu, posisi Teten Masduki sebagai Kepala Staf Kepresidenan digantikan Moeldoko. Teten ditugaskan sebagai Koordinator Staf Khusus Presiden.
- Reshuffle keempat
Jokowi kembali melakukan reshuffle jilid empat pada satu pos kementerian, tepatnya pada 15 Agustus 2018.
Menteri PAN-RB, Asman Abnur, digantikan oleh Syafruddin yang sebelumnya menjabat sebagai Wakil Kepala Polri.
Penggantian tersebut didasarkan atas partai asal Asman, yaitu Partai Amanat Nasional (PAN) yang memutuskan berada di luar pemerintahan.
Selain itu, PAN juga diketahui memilih dukungannya kepada pasangan calon presiden Prabowo Subianto-Sandiaga Uno, lawan Jokowi di Pilpres 2019.
Kemudian, pada 24 Agustus 2018, Jokowi kembali melantik menteri baru, yaitu Agus Gumiwang Kartasasmita.
Agus Gumiwang mengantikan posisi Idrus Marham sebagai Menteri Sosial. Idrus mengundurkan diri karena terjerat kasus korupsi PLTU Riau.
