Ba’asyir bolak-balik ditangkap polisi, menjalani persidangan, dan divonis penjara. Pada 18 Oktober 2002, Ba’asyir ditetapkan sebagai tersangka dalam kasus bom Bali I.
Kemudian pada 3 Maret 2005, Ba’asyir dinyatakan bersalah dan divonis 2,6 tahun penjara atas konspirasi serangan bom Bali 2002, namun tak terbukti atas tuduhan terkait dengan bom 2003.
Saat peringatan Hari Kemerdekaan pada 2005, Ba’asyir menerima pengurangan hukuman dan baru bebas pada 14 Juni 2006. Pada 9 Agustus 2010 ia kembali ditangkap polisi dengan tuduhan pembentukan dan pelatihan cabang Al-Qaeda di Aceh.
BACA JUGA :
Gisel Ngaku Rekam Video Adegan Syur Pakai Hp Miliknya, Lalu Dikirim ke Michael Yukinobu de Fretes
Akhirnya pada 16 Juni 2011, Ba’asyir dijatuhi vonis 15 tahun penjara. Ia sempat berjuang melalui mekanisme hukum dari kasasi hingga Peninjauan Kembali (PK).
PK yang diajukan Ba’asyir ditolak Mahkamah Agung pada pertengahan 2016. Tempat penahanan Ba’asyir dipindahkan dari yang semula di Lapas Pasir Putih Nusakambangan menjadi ke Lapas Gunung Sindur.
Pada 2019, Presiden Joko Widodo sempat berencana akan membebaskan Ba’asyir dengan pertimbangan kemanusiaan mengingat yang bersangkutan sudah masuk ke usia senja alias sepuh.
Namun, Ba’asyir batal bebas lantaran menolak memenuhi syarat untuk berikrar kepada Pancasila. Ia menolak menandatangani dokumen ikrar setia kepada Pancasila lantaran di dalamnya juga berisi poin pengakuan bersalah atas tindak pidana yang menjeratnya.
Kuasa hukum Ba’asyir, Achmad Michdan, kala itu menyebut Ba’asyir enggan sepakat karena mengaku tidak pernah melakukan tindak pidana terorisme yang dituduhkan yakni perencanaan dan pendanaan latihan militer di Pegunungan Jantho, Aceh.
